Naantalin sataman kokonaisliikenne kasvoi viime vuonna 19 % vuoteen 2006 verrattuna. Sataman kautta kulki noin 50 000 ajoneuvon kanssa matkustavaa ihmistä sekä 160 000 rekkaa ja traileria. Kokonaisliikenne ylsi 8,5 miljoonaan tonniin, josta ulkomaan liikenteen osuus on yli 80%.

Sataman kautta kuljetettiin nestebulkkia kuten raakaöljyä, öljyjalosteita, polttoaineita sekä elintarvikeöljyjä yli 4,6 miljoonaa tonnia. Hiiltä, viljaa, sementtiä ja muuta kuivabulkkia kuljetettiin noin 1,3 miljoonaa tonnia. Puolet kaikesta meritse RoRo/Ropax -aluksilla kulkevasta rekkaliikenteestä Suomen ja Ruotsin välillä tapahtuu Naantalin kautta.